工作未满三个月，是否合法？

不合法。依据《劳动法》，公司无权扣回未满三个月员工的保底工资。《劳动法》规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。未及时支付工资，劳动者可申请劳动仲裁维权。公司扣回保底工资，可能面临劳动仲裁败诉及赔偿风险。
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常见处理方式为与公司协商、申请劳动仲裁。从法律角度，建议首先与公司协商，要求按约定支付工资。协商无果则向劳动部门申请劳动仲裁，通过法律途径维权。
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分情况处理。未满三月被要求退保底，若合同无约定，则公司违法，可要求补全工资并索赔；若有约定按约定处理，公司按约定执行即可。若公司拒绝，则申请劳动仲裁。